Vor der Abgabe einer Selbstanzeige ist immer die Frage der Verjährung der zugrundeliegenden Steuerhinterziehung zu prüfen. Gerade die Verjährungsfrage birgt erhebliche Risiken bei einer Selbstanzeige. Werden Verjährungsfragen nicht beachtet, kann eine Selbstanzeige schnell sehr teuer werden. Trotz fehlender Strafbarkeit muss der Betroffene ggf. Steuern und Hinterziehungszinsen für bis zu 10 Jahre nachbezahlen. Besonders ärgerlich dabei ist es, wenn die Selbstanzeige zu einer verjährten Steuerhinterziehung das Finanzamt überhaupt erst von Hinterziehungssachverhalt in Kenntnis gesetzt hat.

§ 398a AO bietet eine Möglichkeit der Strafverfolgung zu entgehen, wenn zwar eine den gesetzlichen Voraussetzungen entsprechende Selbstanzeige abgegeben wurde, die Straffreiheit aber deswegen nicht erreicht wird, weil der Hinterziehungsbetrag 50.000 Euro übersteigt.

Selbstanzeigen werden häufig wegen ihrer scheinbar einfachen Handhabung unterschätzt. Tatsächlich ist die Abgabe einer wirksamen Selbstanzeige durchaus anspruchsvoll. Die nachfolgend dargestellten Fehlerquellen können bei Selbstanzeigen typischerweise auftreten. Das zentrale Risiko einer solchen fehlerhaften Selbstanzeige besteht dann in deren möglicher Unwirksamkeit. Trotz Selbstanzeige wird der Anzeigenerstatter dann ggf. wegen Steuerhinterziehung bestraft.

Geht beim Finanzamt eine Selbstanzeige ein, wird gegen den Anzeigenden ein Strafverfahren eingeleitet. Dies wird ihm anschließend mitgeteilt.

Für Beamte gelten im Steuerstrafrecht zunächst die allgemeinen Regeln. Eine Bestrafung wegen Steuerhinterziehung ist ebenso möglich wie die Abgabe einer strafbefreienden Selbstanzeige. Allerdings werden die allgemeinen Regeln durch spezielle Vorschriften zu Disziplinarmaßnahmen für Beamte ergänzt. Diese treten neben die strafrechtlichen Sanktionen. Dies kann im Ergebnis zu einer "doppelten Bestrafung" des Beamten führen. Das Disziplinarrecht ist zudem unabhängig von der strafrechtlichen Bewertung des Sachverhalts anzuwenden. Deshalb kann es zur Verhängung von Disziplinarmaßnahmen auch dann kommen, wenn eine wirksame strafbefreiende Selbstanzeige abgegeben wurde. Von hoher Bedeutung sind deshalb die Mitteilungspflichten der Finanzbehörden gegenüber dem Dienstherrn des Beamten.

Die gestufte Selbstanzeige bieten sich in Fällen an, in denen ein Steuerpflichtiger zwar schnell eine Selbstanzeige abgeben will oder muss, die genauen Zahlen hierfür aber (noch) nicht kennt. Bei einer gestuften Selbstanzeige geht der Steuerpflichtige deshalb "in mehreren Stufen" vor. Zunächst gibt er auf der ersten Stufe nach Schätzung der Besteuerungsgrundlagen eine Selbstanzeige ab. Auf einer zweiten Stufe werden dann später die richtigen Zahlen konkretisiert. Dieses Vorgehen ist mit einem erhöhten Risiko verbunden. Vor allem die Schätzung sollte sehr sorgfältig erfolgen.